Tornou-se rapidamente respeitado e admirado pela dedicação na catequização que fazia diretamente ao povo, auxiliando os sacerdotes, assim como nas escolas que a Companhia de Jesus dirigia. Aos trinta e três anos, ordenou-se sacerdote, tomando o nome de João Francisco. Só então o seu contagiante trabalho disseminou-se pela cidade, por meio das obras dedicadas aos marginalizados, necessitados e doentes. Essa era a missão importantíssima que o aguardava lá mesmo, na sua terra natal: atender aos pobres e doentes e converter os pecadores.
Entre os anos 1630 e 1640, duas epidemias de pestes assolaram a comunidade. Francisco Régis era incansável no atendimento aos doentes pobres e suas famílias. Nesse período, conscientizou-se de que a França precisava da sua ação apostólica e não o exterior. Assim, tornou-se um valente missionário jesuíta, e o mais freqüente sacerdote visitador de cárceres e hospitais. Os registros relatam às centenas os doentes que salvou e os pagãos que converteu ao mesmo tempo.
Bispos de seu tempo relataram que ele era dotado de um carisma muito especial. Onde pregava os ensinamentos de Cristo, as pessoas, invariavelmente, se convertiam. Conseguiu, com o auxilio da Virgem Mãe, como ele mesmo dizia, converter aldeias inteiras com o seu apostolado. Foram dez anos empregados nesse fatigante e profícuo trabalho missionário.
Francisco Régis foi designado para chefiar a missão enviada à La Louvesc, na diocese de Dauphine. Antes de iniciar a viagem, quis despedir-se dos companheiros jesuítas. Percebera, apesar da pouca idade, que sua morte estava muito próxima. A viagem até lá foi um tremendo sacrifício. Além de atravessar altas montanhas, o caminho foi trilhado debaixo de um rigoroso inverno.
Chegou a La Louvesc doente e perigosamente febril. Mas, como havia uma enorme multidão de fiéis que desejavam ouvir seus sermões, pregou por três dias seguidos. Os intervalos de descanso foram utilizados para o atendimento no confessionário. Finalmente, abatido por uma enorme fraqueza, que evoluiu para uma pneumonia fulminante, faleceu no dia 31 de dezembro de 1640, aos quarenta e três anos de idade.
O papa Clemente XII canonizou-o em 1737. São João Francisco Régis, ou apenas são Francisco Régis, como era chamado, teve sua festa marcada para o dia 16 de agosto.
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